いわゆるROM焼きなどをしている際に警告が表示されるのですが、その警告メッセージの種類をまとめてきます。
「端末が別のオペレーティング システムを読み込んでいます。」（黄）
この警告の意味
このメッセージは、当初端末に搭載されていたものとは異なるオペレーティング システムが端末に搭載されていることを知らせています。
「端末のソフトウェアが破損しているかどうか確認できません。ブートローダをロックしてください。」（オレンジ）
この警告の意味
ブートローダーがアンロックされているという意味です。
Googleは、定期的に OS を変更していない場合は、fastboot ロックを実行して端末をロックし、セキュリティを高めることをおすすめしています。
「端末は破損しているため、信頼できず、正常に動作しない可能性があります。」（赤）
この警告の意味
端末のオペレーティング システムは変更されているか、破損しており、安全に使用できません。この端末は正常に動作しない場合があり、データが破損したりセキュリティ リスクにさらされたりする可能性があります。
各警告の発生タイミング
カスタムROMなどを導入すると黄色の警告、ブートローダーがアンロックされているとオレンジの警告が出るようです。
ブートローダーがアンロックされているとソフトウェアのチェックができないと書かれているのでカスタムROMなどを導入していてもブートローダーがアンロックされている場合表示される警告はオレンジでしょう。
また端末が壊れていると赤い警告が出るようですね。OSのブート自体ができないと赤いエラーが出るのでしょうか。
ご自身でオペレーティングシステムを変更していない、した覚えがない場合
端末メーカーのサポートセンターにお問い合わせてくださいとのこと。おそらく無償で純正の状態にしてくれるのではないでしょうか。（例えばNexus 6PならHuawei）
オレンジのエラーが出ている場合は「端末のソフトウェアが破損しているかどうか確認できません。ブートローダをロックしてください。」と表示されていることを伝えるとよりスムーズにやり取りができるようです。
警告を終了する場合
警告メッセージは約 10 秒が経過すると自動的に閉じ、端末はそのまま起動しますが、
警告が消えない場合は電源ボタンを 1 回押すと端末を起動できるようです。
情報元：Google