筆者はConcept for XperiaをFlashしたXperia Z3 Compantでこの現象が起きました。
（多分Nexus 6Pなど初期から搭載してる端末でも起きると思います。）
方法はとても簡単で、コマンドプロンプトで何か撃ちこんだりとかのめんどくさい手間はないです。
（開発者向けオプションがない場合は、端末情報へアクセスし、ビルド番号を連打します。）
アクセスできたら、「USB設定の選択」をタップ、一度「充電のみ」を選びます。
そうしたら、また「USB設定の選択」をタップして「MTP（Media Transfer Protocol）」を選びます。
そして、PCに接続すると・・、ちゃんと中身が見えるようになりました。
SDカードに至っては、ご丁寧にメーカーまで表示されてます。恥ずかしいΣ(ﾟ∀ﾟﾉ)ﾉｷｬｰ
Marshmallowでセキュリティが強化されたと喜んでたら、こういうところが面倒臭くなってるのがちょっと嫌ですね。
もし同じ現象が起きているのなら、この方法を是非お試し下さい。