Alpha 4がリリースされています。
アップデートされたのはFramework(xposed-sdk21-arm-20150426.zip)の部分でアプリの表記はXposedInstaller_3.0-alpha2.apkのままになっています。
なのでアップデートする際は新しいFrameworkのみをフラッシュすれば良さそうですね。
ブートループの可能性も考慮してバックアップをとってから行うことをおすすめします。
情報元：XDA Post
ダウンロード：[OFFICIAL] Xposed for Lollipop